Windows Home Server 上のファイルやフォルダーが表示されないのはなぜですか?

この問題の原因は、プログラムが NTFS ジャンクションポイントをたどるように設定されていないことです。

詳細モードの「Masks & Filters」→「General Filters」タブで、「Analyze Reparse Points」にチェックが入っていること、および Syncovery がフォルダーやファイルへのリンクをたどるように設定されていることを確認してください。